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與對(duì)人雙微體2(mdm2)抑制劑的敏感性相關(guān)的標(biāo)志物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了監(jiān)測(cè)生物標(biāo)志物的差異性基因表達(dá)以確定患者對(duì)人雙微體抑制劑(MDM2i)的敏感性的方法、通過測(cè)量生物標(biāo)志物確定細(xì)胞對(duì)MDM2i的敏感性的方法和篩選候選MDM2i的方法。
【專利說明】與對(duì)人雙微體2 (MDM2)抑制劑的敏感性相關(guān)的標(biāo)志物 發(fā)明領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明涉及藥物基因組學(xué)領(lǐng)域以及可用于治療之前確定患者敏感性、治療后跟隨 患者響應(yīng)、癌敏感性和化合物篩選的生物標(biāo)志物的用途。
[0002] 置量
[0003] p53,也稱作腫瘤蛋白53,是參與預(yù)防癌癥的腫瘤抑制基因，經(jīng)常被稱作基因組 的看門人或保護(hù)人（Levine, Cell 1997,88:323-331)。P53基因編碼一種正常情況下靜 止并且當(dāng)細(xì)胞應(yīng)激或受損時(shí)（如當(dāng)因誘變劑遭致DNA損傷時(shí)）變得激活的轉(zhuǎn)錄因子。如 果細(xì)胞應(yīng)激或受損，P53發(fā)揮作用以限制損傷或若無(wú)這種作用，則觸發(fā)凋亡途徑，從而受 損細(xì)胞被消除并且不再威脅生物（Vogelstein等人，Nature 2000,408:307-310)。對(duì) 不同癌的分析顯示p53在約50 %的人類癌癥中突變（Hollstein等人，Nucleic Acids Res. 1994, 22:3551-3555:Hollstein等人，Science 1991，253(5015) :49-53)。卩53雜合（僅 具有單個(gè)有功能拷貝）的人將在成年早期形成腫瘤，一種稱作Li-Fraumeni綜合征的病癥 (Varley 等人，Hum. Mutat. 2003, 21 (3) : 313-320)。然而，盡管 p53 調(diào)節(jié)細(xì)胞命運(yùn)，p53 受另 一種稱作MDM2的蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)。
[0004] 發(fā)現(xiàn)雙微體2蛋白（MDM2)作為p53的負(fù)向調(diào)節(jié)物（Fakharzadeh等人，EMBO J. 1991，10 (6) : 1565-1565)。MDM2編碼含有p53結(jié)合結(jié)構(gòu)域和核輸出信號(hào)序列的E3連接 酶，并且與P53復(fù)合時(shí)，將它從胞核移出并使其泛素化，這促進(jìn)p53蛋白經(jīng)泛素-蛋白體 途徑降解（Haupt 等人，Nature 1997, 387 (6630) :296-299 ;Piette 等人，Oncogene 1997 15(9) : 1001-1010)。此外，通過與p53反式激活結(jié)構(gòu)域結(jié)合，MDM2直接抑制p53的活性，還 阻止p53介導(dǎo)的基因表達(dá)（Wu等人，Genes Dev. 1993,7:1126-1132)。因此，MDM2以多種方 式調(diào)節(jié)p53。
[0005] MDM2在許多癌例如脂肪肉瘤、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤和白血病中過量表達(dá)（Momand等 人，Nucleic Acids Res. 1998, 26(15) :3453-3459) QMDM2 的過量表達(dá)能干擾p53 的活性，從 而阻止腫瘤的凋亡和生長(zhǎng)停滯（de Rozieres等人，Oncogene 2000, 19 (13): 1691-1697)。 MDM2過量表達(dá)與神經(jīng)膠質(zhì)瘤和急性淋巴細(xì)胞性白血病的不良預(yù)后相關(guān)（Onel等人，Mol. Cancer Res. 2004, 2(1):1-8)〇
[0006] 由于MDM2是p53的抑制劑，阻止MDM2與p53結(jié)合的治療劑將防止p53降解，從 而允許游離P53在癌細(xì)胞中結(jié)合并介導(dǎo)基因表達(dá)，導(dǎo)致細(xì)胞周期停滯和凋亡。先前報(bào)道了 P53-MDM2 相互作用的小分子抑制劑（Vassilev 等人，Science, 2004, 303(5659) :844-888 ; Zhang 等人，Anticancer drugs, 2009 20 (6) :416-424 ;Vu 等人，Curr. Topics Microbiol. Immuno.，2011，348:151-172)。也已知這些化合物結(jié)合模式和人MDM2 -Nutlin復(fù)合物的晶 體結(jié)構(gòu)以及MDM2上p53結(jié)合位點(diǎn)的支架和口袋（Vassilev，上文）。這類MDM2抑制劑的第 一種（稱作Nutlin)結(jié)合MDM2并占據(jù)p53結(jié)合口袋，阻止MDM2-p53復(fù)合物形成。這導(dǎo)致 P53蛋白較少降解和p53靶基因的表達(dá)。用Nutlin處理的癌細(xì)胞系顯示生長(zhǎng)停滯和凋亡增 加。例如，SJSA-I骨肉瘤系含有MDM2基因的擴(kuò)增拷貝。用Nutlin-3處理這個(gè)細(xì)胞系減少 增殖并增加凋亡（Vassilev 等人，Science, 2004, 303(5659) :844-888)。SJSA-I 細(xì)胞系在小 鼠中用于產(chǎn)生異種移植物。Nutlin-3的施用減少異種移植物生長(zhǎng)90%。為了調(diào)查Nutlin 化合物對(duì)非癌細(xì)胞所擁有的作用，將人和小鼠的正常成纖維細(xì)胞用Nutlin-3處理，并且盡 管細(xì)胞增殖減慢，但它們保留其活力（Vassilev，上文）。
[0007] 找到指示哪位患者應(yīng)當(dāng)接受治療劑的生物標(biāo)志物是有用的，特別對(duì)癌癥而言。與 試錯(cuò)法相比，這允許更及時(shí)和激進(jìn)的治療。此外，發(fā)現(xiàn)顯示細(xì)胞在施用后持續(xù)對(duì)治療敏感的 生物標(biāo)志物也是有用的。這些生物標(biāo)志物可以用來(lái)監(jiān)測(cè)接受治療劑的那些患者的反應(yīng)。如 果生物標(biāo)志物顯示患者已經(jīng)變得對(duì)治療不敏感，則可以增加、減少、完全停用施用的劑量或 施用額外的治療劑。因而，需要開發(fā)與MDM2抑制劑相關(guān)的生物標(biāo)志物。這種方法確保正確 的患者接受適宜治療并且在治療過程期間可以對(duì)患者監(jiān)測(cè)持續(xù)的MDM2抑制劑敏感性。
[0008] 在開發(fā)MDM2抑制劑時(shí)，特定生物標(biāo)志物將有助于理解施用時(shí)的作用機(jī)制。這種作 用機(jī)制可能涉及細(xì)胞周期方面的復(fù)雜調(diào)節(jié)機(jī)制級(jí)聯(lián)和差異性基因表達(dá)。這項(xiàng)分析在藥物開 發(fā)的前臨床階段進(jìn)行，以確定癌細(xì)胞對(duì)候選MDM2抑制劑的具體敏感性和候選物的活性。藥 效學(xué)研宄中特別有意義的是鑒定特定的敏感性和活性標(biāo)志物，如本文中公開的那些。
[0009] 發(fā)明簡(jiǎn)沐
[0010] 本發(fā)明涉及以下分析：表2中鑒定的許多基因在確定細(xì)胞對(duì)MDM2抑制劑（下文稱 作"MDM2i"）的敏感性方面充當(dāng)特定生物標(biāo)志物。本發(fā)明涉及以下分析：表2中的至少一 種生物標(biāo)志物提供MDM2i的"基因標(biāo)簽"，所述基因標(biāo)簽在預(yù)測(cè)哪些癌細(xì)胞對(duì)MDM2i敏感方 面具有增加的準(zhǔn)確度和特異性。該方法在取自患者的癌樣品中分析表2中至少一種生物標(biāo) 志物的基因表達(dá)或蛋白質(zhì)水平，這預(yù)測(cè)了癌樣品對(duì)MDM2i的敏感性。表達(dá)水平變化的模式 可以指示有利反應(yīng)或不利反應(yīng)。此外，表2中提供的基因標(biāo)簽具有增加的預(yù)測(cè)值，因?yàn)樗€ 指示P53通路有功能。這是出乎意料的結(jié)果，因?yàn)樵S多腫瘤含有突變型p53和為腫瘤提供 生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)的無(wú)功能通路。本發(fā)明是"個(gè)體化醫(yī)療"的例子，其中患者基于對(duì)該個(gè)體特異性的 功能性基因組標(biāo)簽接受治療。
[0011] 表2中至少一種生物標(biāo)志物的預(yù)測(cè)值也可以在用MDM2i治療后使用以確定患者是 否仍對(duì)治療敏感。一旦已經(jīng)施用MDM2i治療劑，則生物標(biāo)志物用來(lái)監(jiān)測(cè)患者對(duì)MDM2i治療 的持續(xù)敏感性。本公開還涉及上調(diào)或下調(diào)MDM2i治療后所鑒定基因的表達(dá)。這可用于確定 患者接受了正確的治療過程。本發(fā)明包含一種預(yù)測(cè)和監(jiān)測(cè)患者對(duì)MDM2i治療的敏感性的方 法。該方法包括步驟：向患者施用MDM2i并對(duì)從患者獲得的生物樣品測(cè)量生物標(biāo)志物基因 表達(dá)?；跈z測(cè)來(lái)自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)評(píng)價(jià)患者的反應(yīng)。檢出至少一 種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平和/或其改變指示患者對(duì)治療的敏感性。表達(dá)水平的模式可以指 示患者有利反應(yīng)或不利反應(yīng)。
[0012] 附圖簡(jiǎn)沐
[0013] 圖IA顯示MDM2i在破壞p53-MDM2相互作用方面的體外效力。圖IB顯示MDM2i 在癌細(xì)胞增殖方面的體外效力。
[0014] 圖2顯示p53狀態(tài)（突變型或野生型）和癌細(xì)胞對(duì)MDM2i (2)的敏感性。X軸是敏 感性的交叉點(diǎn)并且Y軸是Amax值。圖2表明細(xì)胞對(duì)MDM2i (2)的敏感性和p53突變狀態(tài)， mt (突變型）或野生型（wt)。mt組顯示p53突變型CCLE細(xì)胞系的MDM2i⑵敏感性圖，wt 組顯示p53野生型CCLE細(xì)胞系的MDM2i (2)敏感性圖。Amax定義為最大效應(yīng)水平（對(duì)參照 抑制劑校準(zhǔn)，在檢驗(yàn)的最高M(jìn)DM2i (2)濃度時(shí)的抑制作用），并且IC5tl定義為MDM2i (2)反應(yīng) 相對(duì)于參照抑制劑達(dá)到-50絕對(duì)抑制作用時(shí)的μ M濃度的IC50。細(xì)胞系計(jì)數(shù)按MDM2i (2) 化學(xué)敏感性和P53突變狀態(tài)，以及相關(guān)的統(tǒng)計(jì)劃分。數(shù)據(jù)還顯示為具有相關(guān)統(tǒng)計(jì)的列聯(lián)表。
[0015] 圖3是顯示表達(dá)倍數(shù)變化的生物標(biāo)志物和過量表達(dá)值的統(tǒng)計(jì)顯著性。圖3顯示選 擇的MDM2i化學(xué)敏感性預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物和它們的相關(guān)統(tǒng)計(jì)結(jié)果。基因身份是官方HUGO 符號(hào)。'Expr'前綴表示這些生物標(biāo)志物是轉(zhuǎn)錄物表達(dá)型的。
[0016] 圖4是敏感和不敏感代表性細(xì)胞的Western印跡法，其中所述細(xì)胞用MDM2i⑴在 多種濃度處理4小時(shí)并且隨后探測(cè)作為藥效學(xué)生物標(biāo)志物代表的選擇的p53靶基因。
[0017] 圖5是與較大生物標(biāo)志物集合對(duì)比，顯示基因標(biāo)簽的預(yù)測(cè)值增加的圖。圖5顯示 MDM2i (2)化學(xué)敏感性預(yù)測(cè)模型的交叉驗(yàn)證性能。使用靈敏度（正確預(yù)測(cè)的敏感細(xì)胞系的分 數(shù)）、特異性（正確預(yù)測(cè)的不敏感細(xì)胞系的分?jǐn)?shù)）、PPV(正預(yù)測(cè)值，如此預(yù)測(cè)的敏感細(xì)胞系 的分?jǐn)?shù)）和NPV (負(fù)預(yù)測(cè)值、如此預(yù)測(cè)的不敏感細(xì)胞系的分?jǐn)?shù)），評(píng)價(jià)從三個(gè)預(yù)測(cè)性特征集合 衍生的模型的性能。誤差條是5次重復(fù)的5倍交叉驗(yàn)證范圍內(nèi)均值的一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)偏差。使用 表2中所示的13種所選擇生物標(biāo)志物的模型實(shí)現(xiàn)對(duì)MDM2i (2)化學(xué)敏感性的更好預(yù)測(cè)，并 且這與性能度量無(wú)關(guān)，但是當(dāng)將PPV視為性能指示物時(shí)最醒目。
[0018] 圖6是各自分析其基因標(biāo)簽的一列細(xì)胞系和所述細(xì)胞系是否敏感或不敏感的預(yù) 測(cè)以及用MDM2i處理時(shí)的IC5Q。
[0019] 圖7A-C顯示用MDM2i (1)處理后SJSA-I異種移植模型（由基因標(biāo)簽預(yù)測(cè)為敏感） 中腫瘤生長(zhǎng)的劑量-依賴性抑制作用，和作為代表性藥效學(xué)生物標(biāo)志物的p21 (CDKNlA)表 達(dá)的伴隨誘導(dǎo)。
[0020] 圖8顯示以有效劑量處理MDM2i(l)敏感細(xì)胞后p21 (CDKNlA)在蛋白質(zhì)水平的表 達(dá)。
[0021] 圖9是使用OncExpress數(shù)據(jù)庫(kù)和Primary Tumor Bank中的基因標(biāo)簽被預(yù)測(cè)為敏 感的腫瘤樣品的模型。圖9顯示MDM2i化學(xué)敏感性預(yù)測(cè)在人原發(fā)腫瘤集合和CCLE細(xì)胞系 數(shù)據(jù)中的譜系特異相關(guān)性。左小圖顯示在自人原發(fā)腫瘤樣品集合的預(yù)測(cè)敏感的樣品的分?jǐn)?shù) 和細(xì)胞系數(shù)據(jù)中觀察到的敏感性比率之間的相關(guān)性。右小圖顯示在自人原發(fā)腫瘤樣品集合 的預(yù)測(cè)敏感的樣品的分?jǐn)?shù)和原發(fā)腫瘤異種移植物集合中預(yù)測(cè)敏感的比率之間的相關(guān)性。樣 品/異種移植物/細(xì)胞系按譜系組織。短劃線是身份系。
[0022] 圖10表示通過從表2中描述的生物標(biāo)志物多個(gè)組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè) 模型所實(shí)現(xiàn)的正預(yù)測(cè)值（PPV)。圖10顯示通過從生物標(biāo)志物多個(gè)組合建立的MDM2i (2)敏 感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的正預(yù)測(cè)值（PPV)。
[0023] 組合和單-基因模型PPV顯示為箱線圖并且與通過兩個(gè)p53突變狀態(tài)和13個(gè)生 物標(biāo)志物模型給出的PPV比較（須延長(zhǎng)1. 5倍四分位距，黑線是中位數(shù)，凹槽是中位數(shù)置 信區(qū)間的估計(jì)值，箱寬度與數(shù)據(jù)點(diǎn)的數(shù)目成比例，不顯示離群值；'bm(s'）：生物標(biāo)志物； 'allExMt' ：p53全部外顯子突變模型；'ex5to8mt' ：p53外顯子5至8突變模型）。
[0024] 圖11表示通過從表2中描述的生物標(biāo)志物多個(gè)組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè) 模型所實(shí)現(xiàn)的特異性。圖11顯示通過從生物標(biāo)志物多個(gè)組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè) 模型所實(shí)現(xiàn)的特異性。組合和單-基因模型特異性顯示為箱須圖并且與通過兩個(gè)P53突變 狀態(tài)和13個(gè)生物標(biāo)志物模型給出的PPV比較（須延長(zhǎng)1. 5倍四分位距，黑線是中位數(shù)，凹 槽是中位數(shù)置信區(qū)間的估計(jì)值，箱寬度與數(shù)據(jù)點(diǎn)的數(shù)目成比例，不顯示離群值；'bm(s'）： 生物標(biāo)志物；'allExMt' ：p53全部外顯子突變模型；'ex5to8mt' ：p53外顯子5至8突變模 型）。
[0025] 圖12表示通過從表2中描述的生物標(biāo)志物多個(gè)組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè) 模型所實(shí)現(xiàn)的靈敏度。圖12顯示通過從生物標(biāo)志物多個(gè)組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè) 模型所實(shí)現(xiàn)的靈敏度。組合和單-基因模型靈敏度顯示為箱須圖并且與通過兩個(gè)P53突變 狀態(tài)和13個(gè)生物標(biāo)志物模型給出的PPV比較（須延長(zhǎng)1. 5倍四分位距，黑線是中位數(shù)，凹 槽是中位數(shù)置信區(qū)間的估計(jì)值，箱寬度與數(shù)據(jù)點(diǎn)的數(shù)目成比例，不顯示離群值；'bm(s'）： 生物標(biāo)志物；'allExMt' ：p53全部外顯子突變模型；'ex5to8mt' ：p53外顯子5至8突變模 型）。
[0026] 圖13表示通過從表2中描述的生物標(biāo)志物多個(gè)組合連同p53突變狀態(tài)一起建立 的MDM2i敏感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的PPV。圖13顯示通過從生物標(biāo)志物與p53突變狀態(tài)組 合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的正預(yù)測(cè)值（PPV)。關(guān)于圖的說明，參考圖10、 圖11或圖12 ; 'bm(s'）：生物標(biāo)志物；'mt' ：p53外顯子5至8突變；'allExMt' ：p53全部 外顯子突變模型；'ex5to8mt' ：p53外顯子5至8突變模型）。
[0027] 圖14表示通過從表2中描述的生物標(biāo)志物多個(gè)組合連同p53突變狀態(tài)一起建立 的MDM2i敏感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的特異性。圖14表示通過從生物標(biāo)志物與p53突變狀態(tài) 組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的特異性。關(guān)于圖的說明，參考圖10、圖11或 圖12 ; 'bm(s'）：生物標(biāo)志物；'mt' ：p53外顯子5至8突變；'allExMt' ：p53全部外顯子突 變模型；'ex5to8mt' ：p53外顯子5至8突變模型）。
[0028] 圖15表示通過從表2中描述的生物標(biāo)志物多個(gè)組合連同p53突變狀態(tài)一起建立 的MDM2i敏感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的靈敏度。圖15表示通過從生物標(biāo)志物與p53突變狀態(tài) 組合建立的MDM2i (2)敏感性預(yù)測(cè)模型所實(shí)現(xiàn)的靈敏度。關(guān)于圖的說明，參考圖10、圖11或 圖12 ; 'bm(s'）：生物標(biāo)志物；'mt' ：p53外顯子5至8突變；'allExMt' ：p53全部外顯子突 變模型；'ex5to8mt' ：p53外顯子5至8突變模型）。
[0029] 圖16是顯示人原發(fā)性異種移植模型對(duì)MDM2i (1)的反應(yīng)和它們的預(yù)測(cè)敏感性/不 敏感性的圖。圖16表示使用表2中公開的生物標(biāo)志物時(shí)據(jù)預(yù)測(cè)對(duì)MDM2i敏感的人原發(fā)性 異種移植模型經(jīng)證實(shí)對(duì)每日給藥l〇〇mg/kg MDM2i(l)敏感，從而支持所述預(yù)測(cè)模型用于癌 癥患者群體中（HMEX =黑色素瘤；HCOX =結(jié)直腸癌；HSAX =脂肪肉瘤；HKIX =腎細(xì)胞癌； CHLI或HLIX =肝癌；HBRX =乳腺癌；HPAX =胰腺癌；HLUX =肺癌）。
[0030] 圖17是顯示針對(duì)野生型P53預(yù)先選擇并且隨后被預(yù)測(cè)為敏感/不敏感的人原 發(fā)性異種移植模型對(duì)MDM2i(l)的反應(yīng)的圖。圖17顯示使用表2中公開的生物標(biāo)志物時(shí) 據(jù)預(yù)測(cè)對(duì)MDM2i敏感的野生型p53人原發(fā)性異種移植模型經(jīng)證實(shí)對(duì)每日給藥100mg/kg MDM2i(l)敏感，從而支持所述預(yù)測(cè)模型用于野生型p53預(yù)先選擇的癌癥患者群體中（HMEX =黑色素瘤；HCOX =結(jié)直腸癌；HSAX =脂肪肉瘤；HKIX =腎細(xì)胞癌；CHLI =肝癌；HPAX = 胰腺癌；HLUX =肺癌）。
[0031] 發(fā)明概沐
[0032] 本發(fā)明的各方面、特征和實(shí)施方案總結(jié)于以下項(xiàng)中并且可以分別單獨(dú)或按組合使 用：
[0033] 1. -種預(yù)測(cè)癌癥患者對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)治療的敏感性的方法，所述方 法包括：測(cè)量從該患者獲得的癌樣品中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且 至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)表示該患者對(duì)MDM2i治療敏感。
[0034] 2. -種治療癌癥患者的方法，包括：測(cè)量從該患者獲得的癌樣品中選自表2的至 少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)；確定該患者對(duì)MDM2i的敏感性；并且向該患者施用MDM2i。
[0035] 3. -種治療癌癥患者的方法，包括測(cè)定從該患者獲得的癌樣品中選自表2的至少 一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)；至少一種生物標(biāo)志物的存在顯示該患者對(duì)MDM2i的敏感性； 并且向該患者施用MDM2i。
[0036] 4. -種預(yù)測(cè)癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括： 測(cè)定從患者癌樣品獲得的癌細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且選自 表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)表示癌細(xì)胞對(duì)MDM2i治療敏感。
[0037] 5. -種預(yù)測(cè)癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括： 測(cè)量細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)；并且選自表2的至少一種生物標(biāo) 志物的基因表達(dá)表示癌細(xì)胞對(duì)MDM2i治療敏感。
[0038] 6. -種篩選MDM2i候選物的方法，所述方法包括：
[0039] a)使細(xì)胞與MDM2i候選物接觸；
[0040] b)測(cè)量與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表 達(dá)，并且至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)顯示對(duì)MDM2i的敏感性；和
[0041 ] c)將來(lái)自與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞的細(xì)胞增殖減少與接觸于取自表1的MDM2i 的細(xì)胞的細(xì)胞增殖和未處理或安慰劑處理的細(xì)胞的細(xì)胞增殖的減少比較。
[0042] 7. -種確定癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括： a)使癌細(xì)胞與至少一種MDM2i接觸；b)測(cè)量與MDM2i接觸的細(xì)胞中選自表2的至少一種生 物標(biāo)志物的基因表達(dá)；c)將用至少一種MDM2i處理的癌細(xì)胞的細(xì)胞增殖與未處理或安慰劑 處理的癌細(xì)胞的細(xì)胞增殖比較，其中與未處理或安慰劑處理的癌細(xì)胞相比時(shí)，存在處理的 癌細(xì)胞的細(xì)胞增殖減少。
[0043] 8.項(xiàng)1至項(xiàng)7中任一項(xiàng)的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
[0044] 9.項(xiàng)1或項(xiàng)8的方法，其中至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至 少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少11種、至少12種或全部13種生物標(biāo)志物選 自表2。
[0045] 10.項(xiàng)1至項(xiàng)9中任一項(xiàng)的方法，其中選擇p53作為除選自表2的任何生物標(biāo)志物 之外的生物標(biāo)志物。
[0046] 11.項(xiàng)1至項(xiàng)10中任一項(xiàng)的方法，包括生物標(biāo)志物MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10B 和 / 或 AEN。
[0047] 12.項(xiàng)1至項(xiàng)11中任一項(xiàng)的方法，其中比較至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)與對(duì) 照樣品的基因表達(dá)指示有功能的P53基因通路。
[0048] 13.根據(jù)1至項(xiàng)4或項(xiàng)8至項(xiàng)12中任一項(xiàng)的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、 卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮 膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸膜。
[0049] 14.項(xiàng)1至項(xiàng)13中任一項(xiàng)的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白 質(zhì)。
[0050] 15.項(xiàng)1、項(xiàng)2或項(xiàng)5至項(xiàng)11中任一項(xiàng)的方法，其中與對(duì)照相比，在癌樣品中至少 一種生物標(biāo)志物的表達(dá)增加。
[0051] 16.項(xiàng)1至項(xiàng)15中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i選自表1。
[0052] 17.項(xiàng)1至項(xiàng)16中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i是與MDM2的p53結(jié)合口袋結(jié)合的化 合物。
[0053] 18.項(xiàng)1至項(xiàng)16中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i是與來(lái)自表1的Nutlin-3a或MDM2i 結(jié)合基本上相同的MDM2的p53結(jié)合口袋的化合物。
[0054] 19.項(xiàng)1至項(xiàng)18中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i是阻止p53和MDM2之間蛋白質(zhì)-蛋 白質(zhì)相互作用的化合物。
[0055] 20.項(xiàng)1至項(xiàng)19中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i是通過誘導(dǎo)p53通路活性抑制細(xì)胞 增殖的化合物。
[0056] 21.項(xiàng)2至項(xiàng)20中任一項(xiàng)的方法，還包括從施用MDM2i之前的患者獲得生物樣品。
[0057] 22.項(xiàng)2至項(xiàng)21中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i以治療有效量施用。
[0058] 23.項(xiàng)4至項(xiàng)14或項(xiàng)16至項(xiàng)22中任一項(xiàng)的方法，其中至少一種生物標(biāo)志物的基 因表達(dá)在癌細(xì)胞中增加。
[0059] 24.項(xiàng)3至項(xiàng)5或項(xiàng)7至項(xiàng)23中任一項(xiàng)的方法，其中與至少一種MDM2i接觸的癌 細(xì)胞的IC 5tl小于1 μ M。
[0060] 25.項(xiàng)3至項(xiàng)5或項(xiàng)7至項(xiàng)25中任一項(xiàng)的方法，其中細(xì)胞至少在兩個(gè)不同時(shí)間點(diǎn) 與MDM2i接觸。
[0061] 26.項(xiàng)3至項(xiàng)5或項(xiàng)7至項(xiàng)26中任一項(xiàng)的方法，其中細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接 觸。
[0062] 27.項(xiàng)26的方法，其中在相同時(shí)間使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
[0063] 28.項(xiàng)26的方法，其中在不同時(shí)間點(diǎn)使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
[0064] 29.項(xiàng)1至項(xiàng)28中任一項(xiàng)的方法，其中MDM2i是異喹啉酮（isoquinolinone)。
[0065] 30. -種篩選MDM2i候選物的方法，所述方法包括：a)使細(xì)胞與MDM2i候選物接 觸；b)在與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞中測(cè)量選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)； c)至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)指示對(duì)MDM2i的敏感性；和d)將來(lái)自與MDM2i候選物 接觸的細(xì)胞的細(xì)胞增殖減少與接觸取自表1的MDM2i的細(xì)胞的細(xì)胞增殖和未處理或安慰劑 處理的細(xì)胞的細(xì)胞增殖的減少比較。
[0066] 31.項(xiàng)30的方法，其中MDM2i候選物的基因表達(dá)與選自表1的MDM2i的基因表達(dá) 比較。
[0067] 32.項(xiàng)30或項(xiàng)31的方法，其中MDM2i候選物增加來(lái)自表2的至少1種、至少2種、 至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少 11種、至少12種或全部13種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)。
[0068] 33.項(xiàng)30至項(xiàng)32中任一項(xiàng)的方法，其中細(xì)胞是選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng) 系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、 腎、軟組織肉瘤和胸膜的癌細(xì)胞。
[0069] 34.項(xiàng)30至項(xiàng)33中任一項(xiàng)的方法，其中測(cè)量表2的至少一種生物標(biāo)志物的mRNA 或蛋白質(zhì)的表達(dá)。
[0070] 35.項(xiàng)30至項(xiàng)34中任一項(xiàng)的方法，包括生物標(biāo)志物MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0071] 36.包含MDM2i的組合物，用于治療選擇的癌癥患者群體中的癌癥，其中癌癥患者 群體是基于從所述患者獲得的癌細(xì)胞樣品中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá) 來(lái)選擇的。
[0072] 37.項(xiàng)36的組合物，其中至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至 少7種、至少8種、至少9種、至少10種、至少11種、至少12種或全部13種生物標(biāo)志物選 自表2。
[0073] 38.項(xiàng)36或項(xiàng)37的組合物，其中選擇p53作為除選自表2的任何生物標(biāo)志物之外 的生物標(biāo)志物。
[0074] 39.項(xiàng)36至項(xiàng)38中任一項(xiàng)的組合物，其中生物標(biāo)志物是MDM2、⑶KN1A、ZMAT3、 DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10B 和 / 或 AEN。
[0075] 40.項(xiàng)36至項(xiàng)39中任一項(xiàng)的組合物，其中MDM2i選自表1。
[0076] 41.項(xiàng)36至項(xiàng)40中任一項(xiàng)的組合物，其中MDM2i是與MDM2的p53結(jié)合口袋結(jié)合 的化合物。
[0077] 42.項(xiàng)36至項(xiàng)41中任一項(xiàng)的組合物，其中MDM2i是與來(lái)自表1的Nutlin-3a或 MDM2i結(jié)合基本上相同的MDM2的p53結(jié)合口袋的化合物。
[0078] 43.項(xiàng)36至項(xiàng)42中任一項(xiàng)的組合物，其中MDM2i是阻止p53和MDM2之間蛋白 質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的化合物。
[0079] 44.項(xiàng)36至項(xiàng)43中任一項(xiàng)的組合物，其中MDM2i是通過誘導(dǎo)p53通路活性抑制細(xì) 胞增殖的化合物。
[0080] 45.項(xiàng)36至項(xiàng)44中任一項(xiàng)的組合物，其中MDM2i是異喹啉酮
[0081] 46.項(xiàng)36至項(xiàng)45中任一項(xiàng)的組合物，其中癌細(xì)胞樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中 樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色 素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸膜。
[0082] 47.項(xiàng)36至項(xiàng)46中任一項(xiàng)的組合物，其中患者基于以下生物標(biāo)志物的基因表達(dá)來(lái) 選擇：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0083] 48.項(xiàng)36、項(xiàng)37或項(xiàng)39至項(xiàng)47中任一項(xiàng)的組合物，用于治療選擇的癌癥患者群 體中的癌癥，其中癌癥患者群體選自野生型P53預(yù)先選擇的癌癥患者群體。
[0084] 49. -種預(yù)測(cè)癌癥患者對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)治療的敏感性的試劑盒，所述 試劑盒包含：i)用于檢測(cè)來(lái)自表2的任一種生物標(biāo)志物的表達(dá)，優(yōu)選地多于一種，特別地至 少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種、至少7種、至少8種、至少9種、至少10 種、至少11種、至少12種或全部13種選自表2的生物標(biāo)志物的表達(dá)的工具；和ii)如何使 用所述試劑盒的說明書。
[0085] 50.項(xiàng) 49 的試劑盒，其中生物標(biāo)志物是 MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10B 或 / 和 AEN。
[0086] 51.項(xiàng)49或項(xiàng)50的試劑盒，還包含用于檢測(cè)p53表達(dá)的工具。
[0087] 52.項(xiàng)49至項(xiàng)51的試劑盒的用途，用于項(xiàng)1至項(xiàng)32的任何方法。
[0088] 在一個(gè)方面，本公開提供在含有癌細(xì)胞的樣品中分析表2中鑒定的至少一種生物 標(biāo)志物的方法，其中至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)指示癌細(xì)胞是否將對(duì)MDM2i治療敏感。表 達(dá)變化的模式可以指示有利患者反應(yīng)或不利患者反應(yīng)并且可以基于來(lái)自表2的至少一種 生物標(biāo)志物的表達(dá)選擇或拒絕患者。備選地，表2中的全部生物標(biāo)志物可以作為單個(gè)集合 被測(cè)定。
[0089] 在MDM2i治療后，本公開提供在含有癌細(xì)胞的樣品中分析表2中鑒定的至少一種 生物標(biāo)志物的方法，其中MDM2i治療后該生物標(biāo)志物的表達(dá)指示患者仍然對(duì)MDM2i治療敏 感。檢出至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平和/或其改變指示MDM2i敏感性，并且這與患者 對(duì)治療的反應(yīng)相關(guān)。備選地，表2中的全部生物標(biāo)志物可以作為單個(gè)集合被測(cè)定。表達(dá)的 模式可以指示患者有利反應(yīng)或不利反應(yīng)。
[0090] 因此，本公開提供一種預(yù)測(cè)癌癥患者對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)治療的敏感性 的方法，所述方法包括：測(cè)定從該患者獲得的癌樣品中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的 基因表達(dá)；并且至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)指示該患者對(duì)MDM2i治療敏感。
[0091] 所述的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
[0092] 所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物的基因表達(dá)：MDM2、⑶KN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0093] 所述的方法，其中在測(cè)定至少一種生物標(biāo)志物之前測(cè)定p53的突變，并且p53突變 的存在指示降低的對(duì)MDM2i敏感性。
[0094] 所述的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi) 膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸 膜。
[0095] 所述的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)。
[0096] 所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
[0097] 所述的方法，其中MDM2i選自表1。
[0098] -種治療癌癥患者的方法，包括：測(cè)定從患者獲得的癌樣品中選自表2的至少一 種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)；至少一種生物標(biāo)志物的存在指示患者對(duì)MDM2i敏感；并且向患 者施用MDM2i。
[0099] 所述的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
[0100] 所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0101] 所述的方法，其中在測(cè)定至少一種生物標(biāo)志物之前測(cè)定p53的突變，并且p53突變 的存在指示降低的對(duì)MDM2i敏感性。
[0102] 所述的方法，還包括從施用MDM2i之前的患者獲得生物樣品，并且將MDM2i未治療 的癌樣品與MDM2i治療的癌樣品中來(lái)自表2的至少一種生物標(biāo)志物的差異性基因表達(dá)比 較，其中增加的基因表達(dá)指示持續(xù)的患者敏感性。
[0103] 所述的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi) 膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸 膜。
[0104] 所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
[0105] 所述的方法，其中MDM2i選自表1。
[0106] 所述的方法，其中MDM2i以治療有效量施用。
[0107] -種預(yù)測(cè)癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括：測(cè) 定從患者樣品獲得的癌細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且選自表2 的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)指示癌細(xì)胞對(duì)MDM2i治療敏感。
[0108] 所述的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
[0109] 所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0110] 所述的方法，其中在測(cè)定至少一種生物標(biāo)志物之前測(cè)定p53的突變，并且p53突變 的存在指示降低的對(duì)MDM2i敏感性。
[0111] 所述的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi) 膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸 膜。
[0112] 所述的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)。
[0113] 所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
[0114] 所述的方法，其中MDM2i選自表1。
[0115] 所述的方法，其中MDM2i以治療有效量施用。
[0116] -種確定癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括：a) 使癌細(xì)胞與至少一種MDM2i接觸；b)測(cè)量與MDM2i接觸的細(xì)胞中選自表2的至少一種生物 標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)指示對(duì)MDM2i的敏感性；和c)比較用 至少一種MDM2i處理的癌細(xì)胞與未處理或安慰劑處理的癌細(xì)胞的細(xì)胞增殖；其中與未處理 或安慰劑處理的癌細(xì)胞相比時(shí)，存在處理的癌細(xì)胞的減少的細(xì)胞增殖。
[0117] 所述的方法，其中與至少一種MDM2i接觸的癌細(xì)胞的減少的細(xì)胞增殖具有小于 1 μΜ 的 IC50。
[0118] 所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
[0119] 所述的方法，其中MDM2i選自表1。
[0120] 所述的方法，其中在至少兩個(gè)不同時(shí)間點(diǎn)使細(xì)胞與MDM2i接觸。
[0121] 所述的方法，其中在步驟a)使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
[0122] 所述的方法，其中在相同時(shí)間使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
[0123] 所述的方法，其中在不同時(shí)間點(diǎn)使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
[0124] 所述的方法，其中癌細(xì)胞選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi) 膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸 膜。
[0125] 所述的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)。
[0126] 所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0127] 所述的方法，其中在選自以下的時(shí)間點(diǎn)重復(fù)步驟b)和c):施用每劑量的MDM2i后 的4小時(shí)、8小時(shí)、16小時(shí)、24小時(shí)、48小時(shí)、3日、1周、1月和幾個(gè)月。
[0128] 一種篩選MDM2i候選物的方法，所述方法包括：a)使細(xì)胞與MDM2i候選物接觸；b) 測(cè)量與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且至少 一種生物標(biāo)志物的表達(dá)指示對(duì)MDM2i的敏感性；和c)將來(lái)自與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞的 細(xì)胞增殖減少與接觸取自表1的MDM2i的細(xì)胞的細(xì)胞增殖和未處理或安慰劑處理的細(xì)胞的 細(xì)胞增殖的減少比較。
[0129] 所述的方法，其中測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0130] 所述的方法，其中MDM2i候選物增加表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)。
[0131] 所述的方法，其中細(xì)胞是選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi) 膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸 膜的癌細(xì)胞。
[0132] 所述的方法，其中測(cè)量表2的至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)的表達(dá)。
[0133] 所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0134] 包含MDM2i的組合物，用于治療選擇的癌癥患者群體中的癌癥，其中癌癥患者群 體是基于從所述患者獲得的癌細(xì)胞樣品中顯示選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表 達(dá)來(lái)選擇的。
[0135] 所述的組合物，其中癌細(xì)胞樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子 宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤 和胸膜。
[0136] 所述的組合物，其中患者基于以下生物標(biāo)志物的基因表達(dá)來(lái)選擇：MDM2、⑶KN1A、 ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
[0137] -種預(yù)測(cè)癌癥患者對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)治療的敏感性的試劑盒，所述試 劑盒包含：
[0138] i)用于檢測(cè)以下生物標(biāo)志物表達(dá)的工具：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、 RPS27L、BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10B 和 AEN ;和 ii)如何使用所述試劑盒的 說明書。
[0139] 所述的試劑盒的用途，用于上述列出的任何方法。
[0140]
[0141] 除非上下文明確說明，如說明書和權(quán)利要求中所用，單數(shù)形式"a"、"an"和"the" 包括復(fù)數(shù)參考。例如，術(shù)語(yǔ)"細(xì)胞"包括多個(gè)細(xì)胞，包括其混合物。
[0142] 所有的數(shù)字名稱，例如pH、溫度、時(shí)間、濃度和分子量，包括范圍均是近似值，其以 〇. 1的增量（+)或（_)變化。應(yīng)理解，盡管不總是明確說明，所有數(shù)字名稱前面具有術(shù)語(yǔ) "約"。還應(yīng)理解，盡管不總是明確說明，本文描述的試劑僅是示例性的并且其等同物為本領(lǐng) 域所知。
[0143] 術(shù)語(yǔ)"標(biāo)志物"或"生物標(biāo)志物"在本文中互換地使用。生物標(biāo)志物是核酸或多肽， 并且該核酸或多肽的存在、不存在或差異性表達(dá)用來(lái)確定對(duì)任何MDM2i的敏感性。例如， ⑶KNlA是一種生物標(biāo)志物。
[0144] "MDM2"指介導(dǎo)p53泛素化、允許p53核輸出并觸發(fā)p53降解的E3泛素-蛋白 質(zhì)連接酶。除非另外特別聲明，否則，如本文所用的MDM2指人MDM2登錄號(hào)NM_002392/ NP_002383(SEQ ID NO. 1/SEQ ID NO. 2)〇
[0145] "p53"指腫瘤抑制蛋白并指人p53(p53登錄號(hào)：DNA-NM_000546,蛋白 質(zhì)-NP_000537)。
[0146] 當(dāng)表2中公開的至少一種生物標(biāo)志物差異性表達(dá)時(shí)，細(xì)胞對(duì)采用MDM2i抑制"敏 感"或顯示"敏感性"。備選地，當(dāng)表2中公開的全部生物標(biāo)志物作為一個(gè)集合差異性表達(dá) 時(shí)，細(xì)胞對(duì)采用MDM2i抑制"敏感"。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)MDM2i減少細(xì)胞增殖的IC 5tl小于 10 μ M，優(yōu)選地小于1 μ M時(shí)，細(xì)胞"敏感"或顯示"敏感性"，或"對(duì)敏感治療"。
[0147] "對(duì)照細(xì)胞"、"對(duì)照組織"和"對(duì)照樣品"指基線對(duì)照，或分別指癌細(xì)胞、組織或樣 Βαπ，即其對(duì)MDM2i不敏感（即MDM2i減少細(xì)胞增殖的IC5tl大于10 μΜ ;或當(dāng)"敏感"用MDM2i 減少細(xì)胞增殖的IC50小于1 μ M定義時(shí)，則"不敏感""指MDM2i減少細(xì)胞增殖的IC5tl大于 1 μΜ) 〇
[0148] "正常樣品""指非癌組織或細(xì)胞。
[0149] 術(shù)語(yǔ)"核酸"和"多核苷酸"可以互換使用并且指任何長(zhǎng)度的核苷酸的聚合形式，脫 氧核糖核苷酸或核糖核苷酸或其類似物。多核苷酸可以具有任何三維結(jié)構(gòu)并且可以執(zhí)行任 何功能。以下是多核苷酸的非限制性實(shí)例：基因或基因片段（例如，探針、引物、EST或SAGE 標(biāo)簽）、外顯子、內(nèi)含子、信使RNA(mRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA、核糖體RNA、核酶、cDNA、重組多核苷酸、 分支多核苷酸、質(zhì)粒、載體、任何序列的分離的DNA、任何序列的分離的RNA、核酸探針，和引 物。多核苷酸可以包含經(jīng)修飾的核苷酸，如甲基化的核苷酸和核苷酸類似物。如果存在，可 以在多聚體組裝之前或之后進(jìn)行核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾。核苷酸的序列可以被非核苷酸組分中 斷。多核苷酸可以在聚合后，如通過與標(biāo)記的組分綴合來(lái)進(jìn)一步修飾。所述術(shù)語(yǔ)還指雙鏈 和單鏈分子。除非另外指明或要求，本發(fā)明的任何多核苷酸的實(shí)施方案包括雙鏈形式和已 知的或預(yù)測(cè)構(gòu)成雙鏈形式的兩條互補(bǔ)的單鏈形式的每一條鏈。
[0150] "基因"指含至少一個(gè)可讀框（ORF)的多核苷酸，其在轉(zhuǎn)錄和翻譯后能編碼特定的 多肽或蛋白質(zhì)。能將多核苷酸序列用于鑒定與其相關(guān)的基因的較大片段或全長(zhǎng)編碼序列。 分離較大片段序列的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
[0151] "基因表達(dá)"或備選地"基因產(chǎn)物"指基因轉(zhuǎn)錄和翻譯時(shí)產(chǎn)生的核酸或氨基酸（例 如，肽或多肽）。
[0152] 術(shù)語(yǔ)"多肽"可與術(shù)語(yǔ)"蛋白質(zhì)"互換使用，并在廣義上指兩個(gè)或多個(gè)亞基氨基酸 (subunit amino acid)的化合物、氨基酸類似物或擬肽。亞基能通過肽鍵連接。在另一個(gè) 實(shí)施方案中，亞基可以通過其他鍵，例如酯、醚等連接。
[0153] 如本文中所用，術(shù)語(yǔ)"氨基酸"指天然的和/或非天然的或者合成的氨基酸，以及 D和L旋光異構(gòu)體、氨基酸類似物和擬肽。如果肽鏈很短，那么通常將三個(gè)或三個(gè)以上氨基 酸的肽稱為寡肽。如果肽鏈很長(zhǎng)，那么通常將肽稱為多肽或蛋白質(zhì)。
[0154] 術(shù)語(yǔ)"分離的"意為是自天然狀態(tài)下與多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或其片段 通常相關(guān)的組分、細(xì)胞組分及其他分離的。例如，分離的多核苷酸與在自然或天然環(huán)境，例 如在染色體上通常與其相關(guān)的3'和5'連續(xù)核苷酸分離。本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的是， 非天然存在的多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或其片段并不需要"分離"，以將其與其天然 存在的對(duì)應(yīng)物區(qū)分開來(lái)。此外，"濃縮的"、"分離的"或"經(jīng)稀釋的"多核苷酸、肽、多肽、蛋白 質(zhì)、抗體或其片段可與其天然存在的對(duì)應(yīng)物區(qū)分開來(lái)，因?yàn)榕c天然存在的對(duì)應(yīng)物相比，每一 體積的濃縮物或者分子數(shù)在"濃縮的"形式中更多或者在"分離的"形式中更少。在一級(jí)序 列或者例如糖基化模式上不同于天然存在的對(duì)應(yīng)物的多核苷酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)、抗體或 其片段并不需要以分離形式存在，因?yàn)榭梢酝ㄟ^一級(jí)序列或者備選地，通過另一特征如糖 基化模式與其天然存在的對(duì)應(yīng)物區(qū)分開來(lái)。因此，將非天然存在的多核苷酸提供為不同于 分離的天然存在的多核苷酸的單獨(dú)實(shí)施方案。將在細(xì)菌細(xì)胞中產(chǎn)生的蛋白質(zhì)提供為區(qū)別于 從真核細(xì)胞分離的天然存在的蛋白質(zhì)的單獨(dú)實(shí)施方案，其中在天然狀態(tài)下所述真核細(xì)胞產(chǎn) 生所述蛋白質(zhì)。
[0155] 當(dāng)在多核苷酸操作的上下文中使用時(shí)，"探針"指寡核苷酸，其提供為通過與靶標(biāo) 雜交，檢測(cè)可能存在于目的樣品中的靶標(biāo)的試劑。通常，探針包含標(biāo)記或者雜交反應(yīng)之前或 之后標(biāo)記可以結(jié)合的方法。合適的標(biāo)記包括但不限于，放射性同位素、熒光色素、化學(xué)發(fā)光 化合物、染料和蛋白質(zhì)包括酶。
[0156] "引物"是通常具有游離的3' -OH基的短的多核苷酸，其通過與靶標(biāo)雜交，與目的 樣品中可能存在的靶標(biāo)或"模板"結(jié)合，從而促進(jìn)與靶標(biāo)互補(bǔ)的多核苷酸的聚合。"聚合酶 鏈反應(yīng)"（"PCR"）是這樣的反應(yīng)：使用由"上游"和"下游"引物組成的"一對(duì)引物"或"一 套引物"，聚合的催化劑如DNA聚合酶以及一般熱穩(wěn)定聚合酶，復(fù)制組成靶多核苷酸的拷貝。 PCR方法是本領(lǐng)域熟知的，并且例如在PCR :A Practical Approach，M. MacPherson等人， IRL Press at Oxford University Press (1991)中教導(dǎo)。產(chǎn)生多核苷酸的復(fù)制拷貝的全部 過程，例如PCR或基因克隆在本文中總稱為"復(fù)制"。還可以將引物用作雜交反應(yīng)，例如DNA 或 RNA 印跡分析中的探針（Sambrook 等人，Molecular Cloning :A Laboratory Manual，第 二版（1989))。
[0157] 如本文中所用，"表達(dá)"指DNA轉(zhuǎn)錄成mRNA的過程和/或轉(zhuǎn)錄的mRNA隨后翻譯成 肽、多肽或蛋白質(zhì)的過程。如果多核苷酸來(lái)源于基因組DNA，表達(dá)可以包括真核細(xì)胞中mRNA 的剪接。
[0158] 當(dāng)將"差異表達(dá)"應(yīng)用于基因時(shí)，指從該基因轉(zhuǎn)錄和/或翻譯的mRNA或者由該基 因編碼的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的差異產(chǎn)生。與對(duì)照細(xì)胞的表達(dá)水平相比，差異表達(dá)基因可以是過表 達(dá)或者低表達(dá)（underexpress)。然而，如本文所用，過表達(dá)是基因表達(dá)的增加并且一般是在 對(duì)照對(duì)應(yīng)物細(xì)胞或組織中檢測(cè)到的至少1. 25倍或，備選地至少1. 5倍或，備選地至少2倍， 或備選地至少3倍或備選地，至少4倍表達(dá)。如本文所用，低表達(dá)是基因表達(dá)的降低并且一 般低于在對(duì)照對(duì)應(yīng)物細(xì)胞或組織中檢測(cè)到的至少1. 25倍或備選地，至少1. 5倍或備選地， 至少2倍或備選地，至少3倍或備選地，至少4倍表達(dá)。術(shù)語(yǔ)"差異表達(dá)的"還指其中在癌 細(xì)胞或癌組織中檢測(cè)到表達(dá)并且該表達(dá)存在，但在對(duì)照細(xì)胞中不能檢測(cè)到表達(dá)。
[0159] 由于基因的過量表達(dá)或基因拷貝數(shù)目的增加可以出現(xiàn)基因的高表達(dá)水平。由于負(fù) 調(diào)節(jié)物的失調(diào)或缺失，基因還可以被翻譯至增加的蛋白質(zhì)水平。。
[0160] "基因表達(dá)譜"指至少一個(gè)生物標(biāo)志物的表達(dá)模式，其在多個(gè)樣品中重現(xiàn)并且反映 那些樣品共有的性質(zhì)，如組織類型、對(duì)特定治療的反應(yīng)、或細(xì)胞中特定生物學(xué)過程或通路的 激活。此外，基因表達(dá)譜區(qū)分共有共同性質(zhì)的樣品和沒有共同性質(zhì)的那些樣品，這比通過將 樣品隨機(jī)分配成兩組實(shí)現(xiàn)的準(zhǔn)確性更高?；虮磉_(dá)譜可以用于預(yù)測(cè)未知狀態(tài)的樣品是否共 有共同的性質(zhì)。將預(yù)測(cè)至少一種生物標(biāo)志物的水平和典型譜之間的一些變異，但是表達(dá)水 平與典型譜的整體相似性是這樣的，在不共有表達(dá)譜反映的共同性質(zhì)的樣品中偶然觀察到 相似性在統(tǒng)計(jì)學(xué)上是不太可能。
[0161] 術(shù)語(yǔ)"cDNA"指互補(bǔ)DNA，即用酶如逆轉(zhuǎn)錄酶將細(xì)胞或生物中存在的mRNA分子制 備成cDNA。"cDNA"文庫(kù)是細(xì)胞或生物中存在的全部mRNA分子的集合，用逆轉(zhuǎn)錄酶將所述 mRNA全部轉(zhuǎn)變成cDNA分子，然后插入到"載體"（在添加外源DNA后可以繼續(xù)復(fù)制的其他 DNA分子）中。用于文庫(kù)的示例性載體包括噬菌體、感染細(xì)菌的病毒，如λ噬菌體。然后可 以針對(duì)特定的目的cDNA (和由此得到的mRNA)探測(cè)文庫(kù)。
[0162] 如本文中所用，可互換使用的"固相支持物"或"固相支持體"并不限于特定類型的 支持體。相反，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可以獲得并且已知大量的支持體。固相支持體包括硅 膠、樹脂、衍生的塑料薄膜、玻璃珠、塑料珠、氧化鋁凝膠、微陣列和芯片。如本文中所用，"固 相支持體"還包括合成的抗原呈遞基質(zhì)、細(xì)胞和脂質(zhì)體?；谄谕淖罱K用途和不同方案的 適用性，可以選擇合適的固相支持體。例如，對(duì)于肽合成，固相支持體可以涉及樹脂，例如聚 苯乙稀（例如，獲自 Bachem Inc. ,Peninsula Laboratories 的 ΡΑΜ-r 樹脂）、polyHIPE(R) ?樹脂（獲自Aminotech，加拿大）、聚酰胺樹脂（獲自Peninsula Laboratories)、用聚乙 二醇嫁接（graft)的聚苯乙稀樹脂（TentaGelR?，Rapp Polymere，Tubingen，德國(guó)）或者聚 二甲基丙稀酰胺樹脂（獲自 Milligen/Biosearch，California)。
[0163] 還可以將多核苷酸與固相支持體連接，用于高通量篩選測(cè)定。例如，PCT WO 97/10365公開了高密度寡核苷酸芯片的構(gòu)建。也參見，美國(guó)專利No. 5, 405, 783 ;5, 412, 087 和5, 445, 934。使用該方法，在衍生的玻璃表面上合成探針，以形成芯片陣列。將光保護(hù)的 核苷亞磷酰胺偶聯(lián)至玻璃表面，經(jīng)光刻用掩模通過光解選擇性去保護(hù)，并與第二個(gè)所保護(hù) 的核苷亞磷酰胺反應(yīng)。重復(fù)偶聯(lián)/去保護(hù)過程，直到完成期望的探針。
[0164] 作為實(shí)例，通過使用基因芯片如Affymetrix? HG-U133-Plus-2GeneChips來(lái)測(cè) 量信使RNA的水平，可以評(píng)估轉(zhuǎn)錄活性。因此，在可重復(fù)的系統(tǒng)中，有可能高通量、實(shí)時(shí)定量 大量目的基因的RNA。
[0165] 術(shù)語(yǔ)"嚴(yán)格雜交條件"指這樣的條件，在所述條件下核酸探針可以與其靶序列特異 性雜交，而不與其他序列雜交。確定雜交的嚴(yán)格性的條件包括：溫度、離子強(qiáng)度和變性劑如 甲酰胺的濃度。改變這些因素之一會(huì)影響另一因素，并且本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，可以改變條 件以維持期望的嚴(yán)格水平。高度嚴(yán)格雜交的實(shí)例是：65°C -68°C，0.015M氯化鈉、0.0015M 檸檬酸鈉或者42°C，0. 015M氯化鈉、0. 0015M檸檬酸鈉和50%甲酰胺（參見Sambrook，上 文）。"中等嚴(yán)格"雜交的實(shí)例是條件：50°C -65°C，0. 015M氯化鈉、0. 0015M檸檬酸鈉或者 37°C -50°C，0. 015M氯化鈉、0. 0015M檸檬酸鈉和20%甲酰胺。當(dāng)期望適量的核酸錯(cuò)配時(shí)， 使用中等嚴(yán)格條件。本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，洗滌是雜交條件的一部分。例如，洗滌條件可以 包括02.X-0. IX SSC/0. 1%SDS和42°C_68°C的溫度，其中增加溫度增加了洗滌條件的嚴(yán)格 性。
[0166] 當(dāng)在兩條單鏈多核苷酸之間以反向平行構(gòu)型發(fā)生雜交時(shí)，稱該反應(yīng)為"退火"，并 且將這些多核苷酸描述為"互補(bǔ)"。如果在第一多核苷酸的鏈之一和第二多核苷酸之間發(fā)生 雜交，那么雙鏈多核苷酸與另一多核苷酸可以是"互補(bǔ)的"或者"同源的"。根據(jù)通常公認(rèn)的 堿基配對(duì)規(guī)則，按照相對(duì)鏈中期望彼此形成氫鍵的堿基的比例，可以量化"互補(bǔ)性"或"同源 性"（一種多核苷酸與另一多核苷酸互補(bǔ)的程度）。
[0167] 多核苷酸或多核苷酸區(qū)（多肽或多肽區(qū)）與另一序列具有"序列同一性"的確定 百分比（例如，80%、85%、90%、95%、98%或99%)指的是，當(dāng)比對(duì)時(shí)，在比較的兩個(gè)序列 中，堿基（或氨基酸）的百分比是相同的?？梢允褂帽绢I(lǐng)域已知的軟件程序，例如Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel 等人，eds.，（1987) Supplement 30, section 7. 7. 18, Table7. 7. I中描述的那些程序進(jìn)行這種比對(duì)并確定同源性和序列同一性百分比。 優(yōu)選地，將默認(rèn)參數(shù)用于比對(duì)。優(yōu)選的比對(duì)程序是BLAST，并使用默認(rèn)參數(shù)。特別地，優(yōu)選的 程序是BLASTN和BLASTP，且使用以下的默認(rèn)參數(shù)：遺傳密碼=標(biāo)準(zhǔn)；過濾=無(wú)；鏈=兩條； 截?cái)?60 ;期望值=10 ;Matrix = BL0SUM62 ;描述=50個(gè)序列；排序=高得分；數(shù)據(jù)庫(kù)= 非冗余的。
[0168] 術(shù)語(yǔ)"細(xì)胞增殖性病癥"應(yīng)當(dāng)包括表征為異常細(xì)胞生長(zhǎng)和/或分裂或者功能喪失 的正常生理功能的調(diào)節(jié)異常。"細(xì)胞增殖性病癥"的實(shí)例包括但不限于，增生、瘤形成、組織 轉(zhuǎn)化或多種自身免疫病癥，例如以T細(xì)胞凋亡的調(diào)節(jié)異常為特征的那些疾病。
[0169] 如本文中所用，術(shù)語(yǔ)"贅生性細(xì)胞"、"腫瘤性疾病"、"瘤形成"、"腫瘤"、"腫瘤細(xì)胞"、 "癌癥"、"癌細(xì)胞"（可互換使用）指表現(xiàn)出相對(duì)自主生長(zhǎng)的細(xì)胞，以致它們表現(xiàn)出以細(xì)胞增 殖控制（即，下調(diào)細(xì)胞分裂）的顯著喪失為特征的異常生長(zhǎng)表型。贅生性細(xì)胞可以是惡性 的或者良性的。"轉(zhuǎn)移的細(xì)胞或組織"指的是細(xì)胞可以侵入并破壞鄰近的機(jī)體結(jié)構(gòu)。
[0170] 術(shù)語(yǔ)"癌癥"指癌疾病，例如包括乳腺、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi) 膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉瘤和胸 膜的癌疾病。
[0171] 術(shù)語(yǔ)"PBMC"指外周血單核細(xì)胞，并包括"PBL外周血淋巴細(xì)胞。
[0172] "抑制"腫瘤生長(zhǎng)表示當(dāng)與未與MDM2i化合物接觸的腫瘤生長(zhǎng)相比，與MDM2i接 觸時(shí)腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的降低。可以通過本領(lǐng)域已知的任何方法評(píng)估腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)，其包 括但不限于測(cè)量腫瘤大小、使用3H-胸苷摻入測(cè)定法確定腫瘤細(xì)胞是否正在增殖、通過 FDG-PET(氟代脫氧葡萄糖正電子成像術(shù)）成像測(cè)量葡萄糖吸收、或者計(jì)數(shù)腫瘤細(xì)胞。"抑 制"腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)指的是以下狀態(tài)的任一種或者全部：減緩、延遲和終止腫瘤生長(zhǎng)，以及腫 瘤縮小。
[0173] "組合物"是活性劑和另一載體的組合，所述載體例如惰性的（例如，可檢測(cè)的試劑 或標(biāo)記）或者有活性的化合物或組合物，如佐劑、稀釋劑、結(jié)合劑、穩(wěn)定劑、緩沖液、鹽、親脂 溶劑、防腐劑、輔助劑等。載體還可以包含單獨(dú)的或者組合的按重量或體積為1-99. 99%的 藥物賦形劑和添加劑，例如：可以單獨(dú)或者組合存在的蛋白質(zhì)、肽、氨基酸、脂和糖（例如， 糖，包括單糖和寡糖；衍生的糖如糖醇、糖醛酸、酯化的糖等；以及多糖或糖聚合物）。糖賦 形劑包括例如，單糖如果糖、麥芽糖、半乳糖、葡萄糖、D-甘露糖、山梨糖等；二糖如乳糖、蔗 糖、海藻糖、纖維二糖等；多糖如蜜三糖、松三糖、麥芽糖糊精、葡聚糖、淀粉等；以及糖醇如 甘露醇、木糖醇、麥芽糖醇、拉克替醇、木糖醇山梨糖醇（葡萄糖醇）和肌醇。
[0174] 示例性蛋白質(zhì)賦形劑包括血清白蛋白例如人血清白蛋白（HSA)、重組人白蛋白 (rHA)、明膠、酪蛋白等。也可以在緩沖容量中發(fā)揮功能的代表性氨基酸/抗體組分包括丙 氨酸、甘氨酸、精氨酸、甜菜堿、組氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、半胱氨酸、賴氨酸、亮氨酸、異亮 氨酸、纈氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、阿斯巴甜等。
[0175] 術(shù)語(yǔ)"載體"還包括緩沖劑或pH調(diào)整劑；一般地，緩沖劑是由有機(jī)酸或堿制備的 鹽。代表性緩沖劑包括有機(jī)酸鹽如檸檬酸、抗壞血酸、葡萄糖酸、碳酸、酒石酸、琥珀酸、乙 酸或苯二甲酸的鹽；Tris、氨丁三醇鹽酸鹽（tromethamine hydrochloride)或磷酸鹽緩沖 液。其他載體包括聚合的賦形劑/高分子添加劑如聚乙烯吡咯烷酮、聚蔗糖（聚合的糖）、 葡聚糖結(jié)合劑（例如，環(huán)糊精，如2-輕丙基-正交（quadrature)-環(huán)糊精）、聚乙二醇、調(diào)味 劑、抗微生物劑、甜味劑、抗氧化劑、抗靜電劑、表面活性劑（例如，聚山梨醇酯如TWEEN 20? 和TWEEN 80?)、脂（例如，磷脂、脂肪酸）、類固醇（例如，膽固醇）和螯合劑（例如，EDTA)。
[0176] 如本文中所用，術(shù)語(yǔ)"可藥用載體"包括任一種標(biāo)準(zhǔn)的可藥用載體，例如磷酸緩沖 鹽水溶液、水和乳劑，如油/水或水/油乳劑，以及多種類型的潤(rùn)濕劑。組合物還可以包 括穩(wěn)定劑和防腐劑，以及可應(yīng)用于體內(nèi)的任何上述載體。載體、穩(wěn)定劑和佐劑的實(shí)例參見 Remington? s Pharmaceutical Science.，15th Ed. (Mack Publ. Co.，Easton (1975)和 the Physician' s Desk Reference, 52nd ed·，Medical Economics, Montvale, N. J. (1998)中。
[0177] "有效量"是足以實(shí)現(xiàn)有益或期望結(jié)果的量?？梢栽谝淮位蚨啻问┯没驊?yīng)用或給藥 時(shí)施用有效量。
[0178] "受試者"、"個(gè)體"或"患者"在本文中可互換使用，其指脊椎動(dòng)物，優(yōu)選地哺乳動(dòng) 物，更優(yōu)選地人類。哺乳動(dòng)物包括但不限于，小鼠、猿猴、人、家畜、運(yùn)動(dòng)動(dòng)物和寵物。
[0179] 如本文所用的MDM2的"抑制劑"減少了 p53與MDM2的結(jié)合。該抑制可以包括，例 如，在它們結(jié)合到一起之前減少P53與MDM2的結(jié)合，或在它們結(jié)合到一起之后減少p53與 MDM2的結(jié)合，因此釋放兩個(gè)分子。
[0180] 現(xiàn)在已經(jīng)將許多基因鑒定為MDM2i的生物標(biāo)志物。存在本文中和表2中鑒定的一 個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)志物的基因表達(dá)的存在或減少或增加可以用來(lái)確定患者對(duì)任何MDM2i的 敏感性，例如，生物標(biāo)志物的表達(dá)指示癌癥患者對(duì)MDM2i施用敏感并將有利地響應(yīng)于MDM2i 施用。作為另一個(gè)例子，在MDM2i治療后，可以獲得患者樣品并且可以對(duì)樣品測(cè)定敏感性以 發(fā)現(xiàn)患者是否仍然對(duì)MDM2i治療敏感。備選地，表2中的全部生物標(biāo)志物可以作為單個(gè)集 合被測(cè)定。
[0181] MDM2抑制劑（MDM2i)是這樣的化合物，其作為p53-MDM2結(jié)合的抑制劑并且與本 發(fā)明方法或用途一起是有用的。MDM2i可用于其中指明了 p53-MDM2結(jié)合抑制的人用途或 獸醫(yī)用途的藥物組合物中，例如在治療腫瘤和/或癌細(xì)胞生長(zhǎng)時(shí)。特別地，這類化合物可 用于治療人的癌癥，因?yàn)檫@些癌癥的進(jìn)展可能至少部分地依賴于使P53的"看門人"功能 無(wú)效，例如MDM2過量表達(dá)。MDM2i化合物可用于例如治療癌（例如，乳房、肺、胰臟、卵巢、 中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、 黑色素瘤癌、腎、軟組織肉瘤和胸膜）。一系列示例性MDM2i化合物可見于表1中（參見 W02011076786)。表1中存在的MDM2i化合物屬于異喹啉酮類分子。結(jié)合MDM2的p53結(jié)合口 袋、特別與Nutlin-3a結(jié)合基本上相同的MDM2的p53結(jié)合口袋、或者基本上結(jié)合來(lái)自表1的 示例性MDM2i所結(jié)合處的其他MDM2i也可以應(yīng)用于本發(fā)明的方法或用途中。根據(jù)本發(fā)明實(shí) 施方案使用的MDM2i可以與表1中描述的MDM2i (即MDM2i(l)和MDM2i(2))或與Nutlin3a 在結(jié)構(gòu)上相關(guān)（例如，取代的異喹啉酮，或喹唑啉酮）。本文中包括的方法也可以與其他化 合物如螺-輕網(wǎng)丨噪、咪挫基 11引噪和順-咪挫啉一起使用（參見Shangary等人，Mol. Cancer Ther.20087(6):1533-1542:Furet 等人，BioOrg.Med. Chem. Let. 2012 22:3498-3502 和 Carol等人，Pediatr. Blood Cancer 2012第1-9頁(yè)，在納入期刊之前2012年7月2日在線 發(fā)表）。如本文所用的MDM2i通過誘導(dǎo)p53通路活性，阻止p53和MDM2之間的蛋白質(zhì)-蛋 白質(zhì)相互作用和/或抑制細(xì)胞增殖。
[0182] 表 l-MDM2i 化合物
[0183] MDM2i (1)
【權(quán)利要求】
1. 一種預(yù)測(cè)癌癥患者對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)治療的敏感性的方法，所述方法包 括：測(cè)定從該患者獲得的癌樣品中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)；并且至少 一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)指示該患者對(duì)MDM2i治療敏感。
2. 權(quán)利要求1所述的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
3. 權(quán)利要求1所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物的基因表達(dá)：MDM2、⑶KN1A、 ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
4. 權(quán)利要求1所述的方法，其中在測(cè)定至少一種生物標(biāo)志物之前測(cè)定p53的突變，并且 P53突變的存在指示降低的對(duì)MDM2i敏感性。
5. 權(quán)利要求1所述的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS)、 子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟組織肉 瘤和胸膜。
6. 權(quán)利要求1所述的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)。
7. 權(quán)利要求1所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
8. 權(quán)利要求1所述的方法，其中MDM2i選自表1。
9. 一種治療癌癥患者的方法，包括：測(cè)定從患者獲得的癌樣品中選自表2的至少一種 生物標(biāo)志物的基因表達(dá)；并且至少一種生物標(biāo)志物的存在指示患者對(duì)MDM2i敏感；并且向 患者施用MDM2i。
10. 權(quán)利要求9所述的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
11. 權(quán)利要求9所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、⑶KN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
12. 權(quán)利要求9所述的方法，其中在測(cè)定至少一種生物標(biāo)志物之前測(cè)定p53的突變，并 且P53突變的存在指示降低的對(duì)MDM2i敏感性。
13. 權(quán)利要求9所述的方法，還包括從施用MDM2i之前的患者獲得生物樣品，并且將 MDM2i未治療的癌樣品與MDM2i治療的癌樣品中來(lái)自表2的至少一種生物標(biāo)志物的差異性 基因表達(dá)比較，其中增加的基因表達(dá)指示持續(xù)的患者敏感性。
14. 權(quán)利要求9所述的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟 組織肉瘤和胸膜。
15. 權(quán)利要求9所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
16. 權(quán)利要求9所述的方法，其中MDM2i選自表1。
17. 權(quán)利要求9所述的方法，其中MDM2i以治療有效量施用。
18. -種預(yù)測(cè)癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括： 測(cè)定從患者樣品獲得的癌細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且選 自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)指示癌細(xì)胞對(duì)MDM2i治療敏感。
19. 權(quán)利要求18所述的方法，其中多于一種生物標(biāo)志物選自表2。
20. 權(quán)利要求18所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、⑶KN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
21. 權(quán)利要求18所述的方法，其中在測(cè)定至少一種生物標(biāo)志物之前測(cè)定p53的突變，并 且P53突變的存在指示降低的對(duì)MDM2i敏感性。
22. 權(quán)利要求18所述的方法，其中癌樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟 組織肉瘤和胸膜。
23. 權(quán)利要求18所述的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)。
24. 權(quán)利要求18所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
25. 權(quán)利要求18所述的方法，其中MDM2i選自表1。
26. 權(quán)利要求18所述的方法，其中MDM2i以治療有效量施用。
27. -種確定癌細(xì)胞對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)的敏感性的方法，所述方法包括： a) 使癌細(xì)胞與至少一種MDM2i接觸； b) 測(cè)量與MDM2i接觸的細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并且至少 一種生物標(biāo)志物的表達(dá)指示對(duì)MDM2i的敏感性；和 c) 比較用至少一種MDM2i處理的癌細(xì)胞與未處理或安慰劑處理的癌細(xì)胞的細(xì)胞增殖； 其中與未處理或安慰劑處理的癌細(xì)胞相比時(shí)，存在處理的癌細(xì)胞的減少的細(xì)胞增殖。
28. 權(quán)利要求27所述的方法，其中與至少一種MDM2i接觸的癌細(xì)胞的減少的細(xì)胞增殖 具有小于1 μΜ的IC50。
29. 權(quán)利要求27所述的方法，其中MDM2i是異喹啉酮。
30. 權(quán)利要求27所述的方法，其中MDM2i選自表1。
31. 權(quán)利要求27所述的方法，其中在至少兩個(gè)不同時(shí)間點(diǎn)使細(xì)胞與MDM2i接觸。
32. 權(quán)利要求27所述的方法，其中在步驟a)使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
33. 權(quán)利要求27所述的方法，其中在相同時(shí)間使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
34. 權(quán)利要求27所述的方法，其中在不同時(shí)間點(diǎn)使細(xì)胞與兩種不同的MDM2i接觸。
35. 權(quán)利要求27所述的方法，其中癌細(xì)胞選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟 組織肉瘤和胸膜。
36. 權(quán)利要求27所述的方法，其中測(cè)量至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)。
37. 權(quán)利要求27所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
38. 權(quán)利要求27所述的方法，其中在選自以下的時(shí)間點(diǎn)重復(fù)步驟b)和c):施用每劑量 的MDM2i后的4小時(shí)、8小時(shí)、16小時(shí)、24小時(shí)、48小時(shí)、3日、1周、1月和幾個(gè)月。
39. -種篩選MDM2i候選物的方法，所述方法包括： a) 使細(xì)胞與MDM2i候選物接觸； b) 測(cè)量與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞中選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá)，并 且至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)指示對(duì)MDM2i的敏感性；和 c) 將來(lái)自與MDM2i候選物接觸的細(xì)胞的細(xì)胞增殖減少與接觸取自表1的MDM2i的細(xì)胞 的細(xì)胞增殖和未處理或安慰劑處理的細(xì)胞的細(xì)胞增殖的減少比較。
40. 權(quán)利要求39所述的方法，其中測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、⑶KN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
41. 權(quán)利要求39所述的方法，其中MDM2i候選物增加表2的至少一種生物標(biāo)志物的基 因表達(dá)。
42. 權(quán)利要求39所述的方法，其中細(xì)胞是選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、軟 組織肉瘤和胸膜的癌細(xì)胞。
43. 權(quán)利要求39所述的方法，其中測(cè)量表2的至少一種生物標(biāo)志物的mRNA或蛋白質(zhì)的 表達(dá)。
44. 權(quán)利要求39所述的方法，包括測(cè)定以下生物標(biāo)志物：MDM2、⑶KN1A、ZMAT3、DDB2、 FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN。
45. 包含MDM2i的組合物，用于治療選擇的癌癥患者群體中的癌癥，其中癌癥患者群體 是基于從所述患者獲得的癌細(xì)胞樣品中顯示選自表2的至少一種生物標(biāo)志物的基因表達(dá) 來(lái)選擇的。
46. 權(quán)利要求45所述的組合物，其中癌細(xì)胞樣品選自乳房、肺、胰臟、卵巢、中樞神經(jīng)系 統(tǒng)（CNS)、子宮內(nèi)膜、胃、大腸、結(jié)腸、食道、骨、泌尿道、造血、淋巴樣、肝、皮膚、黑色素瘤、腎、 軟組織肉瘤和胸膜。
47. 權(quán)利要求45或46所述的組合物，其中患者基于以下生物標(biāo)志物的基因表達(dá)來(lái)選 擇：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、BAX、RRM2B、SESNl、CCNGl、XPC、TNFRSF10B 和 AEN0
48. -種預(yù)測(cè)癌癥患者對(duì)人雙微體2抑制劑（MDM2i)治療的敏感性的試劑盒，所述試劑 盒包含： i) 用于檢測(cè)以下生物標(biāo)志物表達(dá)的工具：MDM2、CDKN1A、ZMAT3、DDB2、FDXR、RPS27L、 BAX、RRM2B、SESN1、CCNG1、XPC、TNFRSF10B 和 AEN ;和 ii) 如何使用所述試劑盒的說明書。
49. 權(quán)利要求48所述的試劑盒的用途，用于權(quán)利要求1至37的任何方法。
【文檔編號(hào)】G01N33/574GK104520714SQ201380041188
【公開日】2015年4月15日 申請(qǐng)日期:2013年7月25日 優(yōu)先權(quán)日:2012年7月31日
【發(fā)明者】S·高爾里斯, S·吉瑞 申請(qǐng)人:諾華股份有限公司